一、技术简介

亲和纯化质谱是IP技术的延申，是将一种蛋白固定到载体/微球表面，用来捕获互作蛋白的技术。它既可以用于小分子药物体外研究中，也可以用于小分子在互作蛋白的占位研究。

与常规Co-IP实验非常类似，只是亲和纯化法不需要引入抗体。将蛋白通过EDC/NHS偶联到纳米磁珠表面，得到的磁珠蛋白复合物，再与细胞裂解液孵育，经LC/MS检测得到互作蛋白信息。

小分子靶点占位研究：即小分子药物先于细胞裂解液样本，或者药物靶点蛋白孵育，关键基因蛋白通过上述方法偶联到磁珠表面，二者进行孵育；对照组不加小分子药物。通过实验组和对照组的蛋白差异，我们可以判断小分子的占位，阻断了蛋白与蛋白之间相互作用。

应用领域：1.寻找关键基因的互作蛋白

        2.小分子与靶蛋白、关键基因蛋白之间的占位，亦即小分子靶点确证

二、技术优势

1、AP/MS得到的互作蛋白是在细胞内与诱饵蛋白结合的，符合体内真实生理情况，得到的结果可信度高。

2、不像COIP采用抗体拉取蛋白复合物，可以有效的避免抗体的污染；同时抗体会占用一个表位，影响了实验结果。

三、实验流程

AP/MS实验流程示意图

1.纳米磁珠通过EDC/NHS与蛋白质伯胺基共价偶联；

2.磁珠蛋白复合物与细胞裂解液孵育；

3.洗脱，通过煮沸方法将互作蛋白从磁珠上洗脱下来；

4.实验组和对照组的洗脱液分别用胰酶酶解，获得2组多肽混合物；

5.组多肽混合物分别做LC-MS/MS，获得蛋白质的定性信息；

6.实验组结果中扣除对照组中的蛋白，即可得到与靶蛋白互作的蛋白。